Серйозне зацікавлення українським фольклором виникло у В.Гнатюка під впливом М.Грушевського, О.Колесси, І.Франка. А завдяки М.Драгоманову він звернув увагу на майже не досліджену етнографами територію - Закарпаття. Здійснивши туди впродовж 1895-1903 р. шість фольклорно-етнографічних експедицій, він зібрав матеріали, які лягли в основу фундаментальної праці - шеститомника "Етнографічні матеріали з Угорської Руси" (1898-1912), що й досі є унікальним джерелом для пізнання мови та фольклору цього регіону.

У 1896 р. молодий вчений видав свою першу збірку "Лірники", яка містила детальний опис життя та побуту мандрівних співців-музикантів, словник їхньої мови та півсотні зразків репертуару.

      Наступного року Володимир Гнатюк очолив студентське товариство "Академічна громада", яке під його керівництвом розгорнуло широку діяльність. Зокрема з ініціативи Володимира Михайловича було видано поетичну збірку І.Франка "Мій Ізмарагд" й організовано широке святкування 25-річчя його творчої праці. Крім того, вийшли друком збірник "Привіт д-ру Івану Франкові" та бібліографія творів письменника за 25 років, збірник музичних творів на його слова тощо.

У 1898 р. В.Гнатюк опрацював проект заснування Товариства руських письменників й став головою спілки "Фонд підмоги незасібних літераторів", згодом перетвореної в "Українсько-руську видавничу спілку". Ця організація до початку Першої світової війни видала близько 300 книжок, майже половину з яких підготував до друку Володимир Михайлович.

У 1898 р., після успішного закінчення університету, В.Гнатюка через виявлену ним активність у політичному та громадському русі української молоді було призначено у Самбірську гімназію, на посаду заступника вчителя, що значно ускладнило реалізацію його життєвих й творчих планів. Тому від цієї посади він відмовився. До 1906 р. працював у "Літературно-науковому віснику". З 1900 р. вчений був редактором усіх видань Етнографічної комісії НТШ, яку очолив

у 1916 р. Таким чином В.Гнатюк став першим професійним науковцем-україністом у Західній Україні. Упродовж більшої частини історії НТШ його структуру визначали три секції: Історично-філософська, Філологічна та Математично-природописно-лікарська. Від 1892 р. з появою першого тому "Записок НТШ" а далі й інших серійних наукових збірників, розпочалася наукова розбудова Товариства. Особливий науковий та організаційний поступ здійснено під головуванням Михайла Грушевського (1897-1913): великого розмаху набрав випуск численних серійних і монографічних видань, придбано декілька великих будинків, розпочато створення музеїв, бібліотеки та архівів.