Серйозне зацікавлення українським фольклором виникло у
В.Гнатюка під впливом М.Грушевського, О.Колесси, І.Франка. А завдяки М.Драгоманову він звернув увагу на майже не досліджену
етнографами територію - Закарпаття. Здійснивши туди впродовж 1895-1903 р. шість
фольклорно-етнографічних експедицій, він зібрав матеріали, які лягли в основу
фундаментальної праці - шеститомника "Етнографічні матеріали з Угорської
Руси" (1898-1912), що й досі є унікальним джерелом для пізнання мови та
фольклору цього регіону.
Наступного року Володимир Гнатюк очолив
студентське товариство "Академічна громада", яке під його
керівництвом розгорнуло широку діяльність. Зокрема з ініціативи Володимира
Михайловича було видано поетичну збірку І.Франка "Мій Ізмарагд" й
організовано широке святкування 25-річчя його творчої праці. Крім того, вийшли
друком збірник "Привіт д-ру Івану Франкові" та бібліографія творів
письменника за 25 років, збірник музичних творів на його слова тощо.
У 1898 р. В.Гнатюк опрацював проект заснування Товариства
руських письменників й став головою спілки "Фонд підмоги незасібних
літераторів", згодом перетвореної в "Українсько-руську видавничу
спілку". Ця організація до початку Першої світової війни видала близько
300 книжок, майже половину з яких підготував до друку Володимир Михайлович.
У 1898 р., після успішного закінчення університету,
В.Гнатюка через виявлену ним активність у політичному та громадському русі
української молоді було призначено у Самбірську гімназію, на посаду заступника
вчителя, що значно ускладнило реалізацію його життєвих й творчих планів. Тому
від цієї посади він відмовився. До 1906 р. працював у
"Літературно-науковому віснику". З 1900 р. вчений був редактором усіх
видань Етнографічної комісії НТШ, яку очолив
у 1916 р. Таким чином В.Гнатюк став першим професійним
науковцем-україністом у Західній Україні. Упродовж більшої
частини історії НТШ його структуру визначали три секції: Історично-філософська,
Філологічна та Математично-природописно-лікарська. Від 1892 р. з появою першого
тому "Записок НТШ" а далі й інших серійних наукових збірників,
розпочалася наукова розбудова Товариства. Особливий науковий та організаційний
поступ здійснено під головуванням Михайла Грушевського (1897-1913): великого
розмаху набрав випуск численних серійних і монографічних видань, придбано
декілька великих будинків, розпочато створення музеїв, бібліотеки та архівів.